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Last Update

27-May-2017

分子軌道HTML5版遷移状態の振動ビュアー

2011.6.15

非常勤講師:山本博志 講義補助資料

 

JAVA版、遷移状態データベースのところでも書いたが、MOPAC、PM3を使ってラジカルがモノマーにアタックする遷移状態を求めて、データベースを構築した。用いたモノマーは Methyl acrylate(メチルアクリレート:AM), acrylonitrile (アクリロニトリル:AN), maleic anhydride (無水マレイン酸:Mal), Methyl Methacrylate(メチルメタクリレート:MMA), styrene (スチレン:St), vinyl acetate (酢酸ビニル:VAc), Vinyl chloride (塩化ビニル:VC), vinylidene chloride (塩化ビニリデン:VDC), vinyl fluoride(フッ化ビニル:VF), Acrylic acid (アクリル酸:AA), Allyl chloride (アリルクロライド:AllC), acrylamide (アクリルアミド:AMD), Butadiene (ブタジエン:BD), cyclohexene (シクロヘキセン:cHn), acrolein (アクロレイン:CHO), Glycidyl Methacrylate(グリシジルメタクリレート:GMA), methacrylic acid (メタクリル酸:MAA), methacrylonitrile (メタクリロニトリル:MAN), Methyl Vinyl ether (メチルビニルエーテル:MeO) vinylidene fluoride(ビニリデンフルオライド:VDF) の20モノマーである。Headの位置がラジカルになったモノマーが他のモノマーにアタックする遷移状態なので、全部で20*20=400の遷移状態が存在する。そのうち、9つの系はもとまらなかったが、残りは、マイナスの振動がひとつだけで、その振動方向がラジカルがモノマーのtailにアタックする正しい遷移状態であった。この遷移状態を眺めるのに、以前はJAVAのプログラムを使っていたのだけど、これをHTML5+CSS+JavaScriptで書きなおしてみた。

Chrome, Safari, FireFox4.0を使っている訪問者は、こちらのリンクをクリックしてプログラムをサブウインドウで走らせながら説明を読んで欲しい。

最初に立ち上げると、画面には何も無い。まず、どのラジカルがアタックするかを指定する。

 

ついで、どのモノマーがアタックされるかを指定する。

 

 

そして、Searchボタンを押すと、Pirikaのサーバー上にある、遷移状態の構造のデータと、振動のデータを、Ajaxを使って読み込みに行く。(現在のところiPadでこのプログラムを走らせると、この部分でこけてしまう。)正常に読み込まれると振動部分が表示される。

ここでReadボタンを押すと、構造と振動を読み込み、分子を表示する。

マウスをドラッグすれば分子は回転する。後はAnimateボタンを押せば遷移状態の反応がアニメーションで見ることができる。

 

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