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Last Update

27-May-2017

分子軌道:振動ライブラリーの使い方2

非常勤講師:山本博志 講義補助資料

 

試しに、ラジカルとしてアクリロニトリル、モノマーとしてアクリロニトリルを選んでSearchボタンを押してみてください。その遷移状態の構造をデータベースから探してきて(AN-AN.arcというテキストファイル)読み込みテキストエリアに書き出します。ファイルの形式(XYZ座標系か内部座標系か)は自動で判断しチェックボックスをON-OFFします。もし自分独自の分子構造をEditしたい場合にはラジカルもモノマーも選択せずにSearchしてください。このテキストエリアは空っぽになりますのでそこに独自データをペーストしてください。(その場合はXYZか内部座標かは自分で選択してください。)

AN-AN.arcを読み込み、モデルを変えて回転させるとこのような絵が出きます。ここでモノマーをアクリロニトリルからメタクリロニトリルへ変更してみましょう。

ビルドコマンドを使って水素をメチル基に変更します。

リターンするとこのような分子が表示されます。そしてこの構造はラジカルのHeadとモノマーのTailの構造はもとの遷移状態のままで、モノマーのHead部分がちょっと変わっただけです。ですからこの構造からTSのサーチをすると効率よく遷移状態が求まります。

getStructボタンを押すとテキストエリアが現れてそこにはMOPACのインプット形式でこの分子の座標が書かれます。

マウスを使ってテキストエリア全体をセレクトしてコマンド+Cキーを押すとこのMOPACのインプットデータがコピーされます。適当なテキストエディターにコピーしてお使いください。

GetStructボタンは無効になっています。

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