2021.1.8
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JSMEで分子を描いて３次元の分子構造を取り出そう
JSME-RDKit (2020.12.17)を別タブで開く
JSMEで分子を描いてGet 3D-Structureボタンをクリックすると、JSMEからSmilesの構造式が作成されます。そして、RDKitを用いて、Smilesの構造式から３次元の分子が組み立てられ、テキストエリアに分子の３次元構造が出力されます。
この分子構造のフォーマットは、MOPAC用の入力ファイルになっています。
ファイルの後ろに、Bond Info.(結合情報)が出力されています。
MOPACの計算自体には必要無いので消去してください。
ここで作られた、構造を実際に表示させて見ると次のようになります。
2重結合と、ベンゼン環が同じ平面に無いことがわかります。
RDKitがSmiles構造式から３次元構造を作成する際に、分子力学(Molecular Mechanics)計算を行い、構造を最適化させます。その際の共役の取り方の問題で、自動的に構造生成させる以上、どうしようも無いことです。
エチレンが２重結合の真ん中でねじれたような構造は、取り出せません。
そのような時には、Y-Molで修正を行います。
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