コロナ経口薬の分子構造を描画してみよう。

コロナ経口薬のSmilesの構造式は次のようになります。

モルヌピラビル(メルク）：CC(C)C(=O)OCC2OC(n1ccc(=NO)[nH]c1=O)C(O)C2O
AT-527（ロシュ）：CNc1nc(N)nc2c1NCN2C4OC(COP(=O)(NC(C)C(=O)OC(C)C)Oc3ccccc3)C(O)C4F
S-217622(塩野義製薬)：COc4cccc5[nH]c(C(=O)NC(CC(C)C)C(=O)NC(CC1CCNC1=O)C(=O)c3nc2ccccc2s3)cc45
PF-07321332(ファイザー）：CC(C)(C)C(NC(=O)C(F)(F)F)C(=O)N1CC3C(C1C(=O)NC(C#N)CC2CCNC2=O)C3(C)C
Baricitinib : CCS(=O)(=O)N4CC(n3cc(c1ncnc2[nH]ccc12)cn3)C4CC#N

これだけを見ていても、どんな構造なのかわかりにくいですよね。そんな時はJSME Molecular Editorを使って表示してみましょう。
メニューの▶︎が二つ組みあわさった部分をクリックします。
そこで、Paste MOL or SDF or SMILESを選んで、そこに上のSMILES構造を1つペーストしてみてください。そしてAcceptボタンを押すと2次元の分子構造が表示されます。
分子構造を手直ししたい時にはとても便利な方法です。

生物等価性などを検討する場合にはとても有用です。

分子構造をSVGフォーマットで得たい場合には、RDKitの機能を利用した次のプログラムが良いかもしれません。