プログラミング：JAVAで化学
非常勤講師：山本博志 講義補助資料
自分がJAVAで化学系のプログラムを開発しようとしたきっかけを紹介しよう。
1995年の段階ではまだC++を使ってMacでプログラムを開発していた。その頃Appleはひどい状況で何時つぶれてもおかしくない状況だった。その時、JAVAが発表されてJAVAでプログラムを書けばどんなマシンでも動作するということで、それまでに書いたプログラムをJAVAで書きなおそうと決断した。その時のJAVAの開発環境はVisual Cafeだった。そのデモ・プログラムにこんなものがあった。
Molecularviewer：分子のお絵かきソフト
分子を描いて３次元でぐりぐり回すことができる。
デモ１
デモ２
デモ３
WireFrame：ワイヤーフレーム
ワイヤーフレームを描いてぐりぐり回すことができる。
デモ１
デモ２
デモ３
デモ４
GraphLayout：グラフレイアウト
一種のMDみたいに、バネでつながったものがぐにゃぐにゃ動く。
デモ１
デモ２
デモ３
デモ４
こうしたことができるなら自分が化学でやりたいことなど皆できそうだと思ったのがきっかけだ。
そして分子の３次元構造を表示するプログラム
遷移状態を表示するプログラム
原子は単なる丸を描いているだけで、球には見えないが、簡単にプログラムが書ける。
ぐにゃぐにゃ動くプログラム
Smilesの構造式から分子を描くプログラム
グラフレイアウトのプログラムを流用して、Smiles（分子の線形表示法）の構造式から２次元の構造式が簡単に描ける。これをきちんとプログラムで書こうとしたらものすごく大変だ。
それ以外のボタンやプルダウンメニュー、パネルの切り替えなどは、ネットを探せばいくらでも使い方は見つかるだろう。
JAVAとC#はほとんど文法が同じなので、C#への変換はほとんど問題なく出来る。
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