2024. 9.12
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情報化学 > 情報化学ツール > JSMEの使い方
たぶん多くのページでJSMEの使い方は紹介されているので細かい使い方には触れない。分子を描いてスマイル・マークをクリックするとSMILES構造式が得られる。またメニューの2行目一番右の三角形２つのアイコンをクリックすると、Paste MOL or SDF or SMILESにSMILESをペーストすると分子構造を描いてくれる。
ポリマーを扱う場合には、繰り返し単位に大文字のXを使う。アトムアイコンのXにはオフセットではHが入っているが、それをXにする。
例えば、[X]CC([X])c1ccccc1 はポリスチレンのポリマーSMILESになる。
以下のページではJSMEを使ってYMBなどを計算するやり方を解説している。
JSME-RDKit ３次元構造の作成 （2021.1.8）
JSMEで分子を描いて分子軌道計算CNDO/2
V-tube誰か作ってくれ！肥満改善薬!
JSMEを使って分子を切断して、各々の部分のY-MBを計算。
コロナ経口薬の分子構造を描画してみよう。
生物等価性とHSPiPのCLIライセンス
情報化学+教育 > 情報化学 > フリー・ツールの利用 >
プログラム的には次のようにやるとSMILESのテキストを得ることができる。
jsmeApplet = new JSApplet.JSME("jsme_container", MyWidth, MyHeight, {
"options" : "oldlook,star"
});
SMILEStext=jsmeApplet.smiles();Copyright pirika.com since 1999-
Mail: yamahiroXpirika.com (Xを@に置き換えてください) メールの件名は[pirika]で始めてください。