JSMEの使い方

2024. 9.12

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JSMEの使い方

たぶん多くのページでJSMEの使い方は紹介されているので細かい使い方には触れない。分子を描いてスマイル・マークをクリックするとSMILES構造式が得られる。またメニューの2行目一番右の三角形２つのアイコンをクリックすると、Paste MOL or SDF or SMILESにSMILESをペーストすると分子構造を描いてくれる。

ポリマーを扱う場合には、繰り返し単位に大文字のXを使う。アトムアイコンのXにはオフセットではHが入っているが、それをXにする。

例えば、[X]CC([X])c1ccccc1　はポリスチレンのポリマーSMILESになる。

以下のページではJSMEを使ってYMBなどを計算するやり方を解説している。

JSME-RDKit ３次元構造の作成　（2021.1.8）

JSMEで分子を描いて分子軌道計算CNDO/2

V-tube誰か作ってくれ！肥満改善薬!

JSMEを使って分子を切断して、各々の部分のY-MBを計算。

コロナ経口薬の分子構造を描画してみよう。

生物等価性とHSPiPのCLIライセンス

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プログラム的には次のようにやるとSMILESのテキストを得ることができる。

jsmeApplet = new JSApplet.JSME("jsme_container", MyWidth, MyHeight, {
"options" : "oldlook,star"
});

SMILEStext=jsmeApplet.smiles();

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