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2003.12.XX
分子軌道計算ソフトのガウシアン03のマックバージョンを買った。ついでにそのビューワーのGaussViewMも買った。これをインストールしようとしたのだけどマニュアルが全部英語でしかもちょっと癖があったので難航した。
忘れる前に書き留めておこう。まず、どのマシンにインストールするか?
自分のところにはラックマウントのServeが5台、ポリタンク型が2台、PBが2台、(そしてインストールがうまく行かない間に今期分でPB1台、G52GHzが2台増えた。)
OSはOSX 10.2.6と新しいマシンはPanther10.3.1である。
インストールのどこでつまずいたかというとこのGaussianのソフトはディスクイメージで提供されるのではなく、Tarで圧縮されているファイルをUNIXの作法でインストールしなければならない。
そして作法の一番目はグループを作りなさいとある。
古くからマックを使っていた人でOSXへ上がった人はグループを作りなさいって言われても何の事かも分からないのではないでしょうか?
(でも、はずかしー)そこでつまづいてしまいました。
Windows用のガウシアンのインストールは物凄く簡単でした。
ダブルクリック一回だったような。
(ちなみにジョブを走らせるのもすごく簡単)
やっと時間ができて調べてやっとわかった。
グループを作るには、アプリケーションの下のユーティリティの中のNetInfoマネジャーを起動する。
カギをクリックして修正できるようにして、まん中のカラムにあるgroupsを選ぶ。そして下へ下がってstaffを選択してウインドウメニューの複製を実行する。
そして名前をG03M、gidを300、そしてusersにyamahiroを設定して閉じる。
これで10.2.6を使っている場合にはその変更はすぐに反映される。
しかし10.3.1を使っている場合にはリスタートが必要なようである。
ターミナルを開いてgroupsと打ち込んでリターンするとG03Mが出てくれば成功です。
マニュアルでは次にはCDをマウントするとありますが、これは問題なく成功します。
そして次はCシェルを設定して環境設定をしろとあります。
ところが、10.2.6ではもともとターミナルを開くとtcshのシェルが走るので問題ないのですが、10.3.1ではbashのシェルが走っています。
ここでもつまづきました。ただこれをtcshにかえても(ターミナルのメニューから環境設定を選び、/bin/tcshの設定をしてしまう)次のファイルの展開で失敗してしまう。
(自分は念のためNetInfoマネジャーでyamahiroの中のシェルも/bin/tcshに変更しておきました。これは必要なのかな-??)
マニュアルではcat $mntpnt/tar/*.tar | zcat | tar xvf- とやれとあるのだけど慣れないコマンドだからスペースがどこに入っているのかもよく分からないしいろいろやったけど全部エラーで展開できない。
CDを開いてファイルを見るとStuffItで展開できるようなので直接ダブルクリックしてみる。
エラーになる。結局分かったのは、このtarファイルをハードディスクにコピーしてしまってそしてダブルクリックするとStuffItが解凍してくれる。
自分のホームディレクトリー、yamahiroのトップで解凍したのでそこにg03というディレクトリーが自動的にできる。GaussViewも同じように解凍した。gvというディレクトリーができる。そしたらターミナルで
chgrp
-R G03M g03
と打ってg03のグループをG03Mに変えてやる。そして
cd g03
./bsd/install
と打ってやる。それが終わったらマニュアルでは.loginファイルに3行付け加えなさいとある。
どこに.loginファイルがあるのか捜しまわったが見つからない。マックのOSX関係の書籍に当たってもわからない。
結局Linux関連の本を見てこれはyamahiroの直下(ターミナルを開いたそのままの位置)に新たに作らなければいけない事が分かった。
picoを使って書く。
setenv g03root "/Users/yamahiro"<br />
setenv GAUSS_SCRDIR "/Users/yamahiro/g03/SCR"<br />
source $g03root/g03/bsd/g03.login </p>
"や/が抜け落ちていたりで中々ちゃんと動かない。そしてg03の下にスクラッチファイル用のディレクトリーSCRを作っておく。
そしてGaussViewは.cshrcに書き込む。これも自分の場合にはファイルが存在していなかったので新たに作る。気をつけるのは
setenv GV_DIR /Users/yamahiro/gv
と”がいらない。なんでかは分からない。これでリスタートしたらやっとGaussViewが動いた。これが動くとガウシアンのジョブはこれから走らせられる。
ターミナルから直接起動するには、
>g03 <ファイル名.com> ファイル名.log
とやってやる。
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