MOPAC7とMOPAC97の違い

MOPAC7とMOPAC97の違いで今回の遷移状態データベースを構築する上での問題点。

MOPACはキーワードでXYZを指定すると構造の最適化をXYZ座標系で行ってくれます。MOPAC97ではXYZを指定して遷移状態を探索した方が正しい遷移状態にたどり着きやすいように思えます。MOPAC7ではこのキーワードXYZを指定して計算を行った場合、計算結果のサマリーファイルのアウトプットではキーワード中にはXYZが入っているが構造自体は内部座標系であるので注意が必要です。つまりXYZが指定されてもtest.arcを読もうとするとその構造がXYZ座標系か内部座標系かMOPAC7とMOPAC97で異なるということが起きます。今回のデータベースではMOPAC7でXYZ指定で計算した後のサマリーファイルのキーワードXYZは削除しました。


SUMMARY OF PM3 CALCULATION
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　VERSION 7.00

～

IONIZATION POTENTIAL = 9.665508 EV
MOLECULAR WEIGHT = 173.188
SCF CALCULATIONS = 87
COMPUTATION TIME = 10.000 SECONDS

FINAL GEOMETRY OBTAINED 　　　　　　　　　CHARGE
PM3 PRECISE TS UHF XYZ
H13C8O4
25
C 0.0000000 0 0.000000 0 0.000000 0 0 0 0 -0.1756
C 1.3714283 1 0.000000 0 0.000000 0 1 0 0 -0.0600
H 1.0917509 1 121.615777 1 0.000000 0 2 1 0 0.1039
H 1.0900503 1 119.868247 1 156.702697 1 2 1 3 0.0858
C 2.1515575 1 101.913576 1 -101.490761 1 2 1 3 -0.1349
H 1.1001726 1 96.826374 1 -11.530850 1 5 2 1 0.1067

～

SUMMARY OF PM3 CALCULATION
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　MOPAC 97.00

MOLECULAR WEIGHT = 140.161
SCF CALCULATIONS = 118
COMPUTATION TIME = 12.000 SECONDS

FINAL GEOMETRY OBTAINED 　　　　　　　　　CHARGE
PM3 PRECISE TS UHF XYZ
H10C7N1O2
20
C -2.6548714 1 1.3222197 1 -1.6414018 1 -0.0497
C -1.8802227 1 0.1968004 1 -1.7677870 1 -0.0937
H -0.8676876 1 0.2678154 1 -2.1664349 1 0.1033
C -1.1655638 1 -0.1910237 1 0.2315340 1 -0.0073
C -0.6492645 1 -1.5833443 1 0.1473097 1 -0.1316

遷移状態では虚の振動数が一つだけ現れます。MOPACの振動計算（キーワードFREQ）の結果のうち最初の一塊をデータベースに収録しました。MOPAC7とMOPAC97で振動計算のタイトルの付け方が異なります。

MOPAC7

ROOT NO. 1 2 3 4 5 6
-614.35131 7.60204 19.78062 27.58241 59.11591 84.04859

1 0.01816 0.03957 0.00669 -0.03887 -0.00665 -0.01537
2 0.00428 0.01417 -0.01356 -0.03534 0.01309 0.03931
3 0.02795 0.00717 0.00872 -0.05752 -0.05663 0.00512
4 -0.09664 0.03957 0.00674 -0.03857 -0.00656 -0.01486
5 0.05081 0.05254 -0.02198 -0.05100 0.02212 0.04283
6 0.25645 -0.00117 0.00662 -0.01928 -0.05886 0.00907
7 -0.01026 0.01299 0.01277 -0.02857 -0.01416 -0.01949

MOPAC97

Root No. 1 2 3 4 5 6 7 8
1 A 2 A 3 A 4 A 5 A 6 A 7 A 8 A 
-557.8 18.1 43.0 54.8 69.2 91.6 133.6 173.3

1 -0.0131 -0.0347 -0.0082 0.0128 0.0186 0.0015 0.0016 -0.0069
2 -0.0067 -0.0112 0.0045 -0.0058 0.0253 0.0302 0.0159 -0.0003
3 0.0277 0.0045 0.0117 -0.0161 -0.0501 0.0250 0.0063 0.0641
4 0.0901 -0.0346 -0.0083 0.0128 0.0182 0.0007 0.0015 -0.0090
5 -0.0412 0.0341 0.0123 -0.0179 0.0280 0.0466 0.0153 0.0200
6 0.2456 0.0071 0.0001 -0.0054 -0.0464 0.0109 0.0086 -0.0118

また、MOPAC7では一塊が振動６つ分ですが、MOPAC97は振動８つ分です。

MOPAC7では所々で「１（改行）」が現れます。これはプリンターでページを変えるときの名残らしいですがこれはじゃまくさいので消去しました。

MOPAC7

36 0.16423 0.06577 -0.02412 -0.06345 0.03391 -0.00448
37 0.01665 -0.01430 -0.00747 0.02330 -0.01450 -0.00203
38 -0.02151 -0.03602 -0.00098 0.06105 -0.01274 0.14048
39 -0.03517 -0.06313 0.04833 0.30010 -0.25089 0.09363
40 -0.01594 0.00896 0.01551 -0.00730 0.00279 0.02738
1
41 0.00999 -0.01623 -0.00336 0.00422 0.01104 0.00968
42 0.02656 -0.01657 0.00272 0.01691 0.01420 -0.00075
43 -0.01842 0.01420 0.00600 -0.01610 -0.01269 0.01400

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