JSMEで分子を描いてCNDO/2

2020.12.17

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JSMEで分子を描き、Smilesの構造式を得る。
自動的に3D-ViewerタブにSmilesが送られるので、3D Viewボタンを押す。


RDKitを使って3次元構造を作る。その3次元構造を使ってCNDO/2を計算する。
初期には分子構造と、CNDO/2で計算した電荷が表示される。
電荷平衡法(QeQ)で計算した電荷を表示することもできる。

Orbitalを選択すると分子軌道を計算する。
HOMOやLUMOや他のレベルの軌道がどうなっているか分子構造を描くだけで確かめられるので試してほしい。

MOPAC形式の座標データも書き出すので、他の分子軌道法のフォーマットへ変更するのも簡単だ。

(何故だかわからないがMacのsafariでは表示がおかしい)

JSME-CNDO/2 (2020.12.17)を別タブで開

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