官能基のリスト

2015.11.26, 2011.11.15

物性化学トップページ

2023.4.7　最近は官能基はダイナミックにとっているので、あまり新しい拡張はない。

官能基のリスト

ピリカで扱う分子は、お絵かきしたもの、Smilesの構造式を使うものに関わらず、プログラムによって自動的に原子団に分割される。JOBACK法のようにマニュアルで原子団の数を入力する方法もあるが、入力間違い、意図しない分割法で入力される事もあり勧められない。例えばカルボキシル基（COOH）をケトン（C=O）と水酸基（OH)に分割してしまうなどだ。環の一部の原子団も混乱しやすい。

JOBACK法

CH3	-CH2- (R)	-OH (phenol)	>NH
>CH2	>CH- (R)	-O-	>NH (R)
>CH-	>C< (R)	-O- (R)	>N-
>C<	=CH- (R)	>C=O	-N=
0	=C< (R)	>C=O (R)	-N= (R)
=CH-	-F	O=CH- (aldehyde)	-CN
=C＜	-Cl	-COOH	0
=C=	-Br	-COO-	-SH
#CH	-I	=O	-S-
#C-	-OH (alcohol)	NH2	-S- (R)

(R)は環の一部

Siは除外した。　＃：三重結合を示す

Pirika原子団：

CH3	CH2(R)	t-Bu	NH	-N=	COOCO
CH2	CH(R)	O	NH(R)	COO(R)	COOCO(R)
CH	C(R)	O(R)	N	N(R)	Pr
C	=CH(R)	C=O	3-OH	H(C=O)	i-Pr
CH2=	=C(R)	C=O(R)	H(N)	NHCO	Bu
C=	CH2CH2	HCO	C#N	NHCO(R)	2-Bu
=C	CH2CH2(R)	COOH	NO2	NCO	i-Bu
=C=	Et	COO	SH	NCO(R)
#CH	SS	2-OH	S	OCOO
#C	OH	NH2	S(R)	OCOO(R)

使える限りなるべく大きな原子団を使う。芳香族は扱えない。古いJAVAのプログラム、HTML5制限バージョンに搭載されている。

ハロゲン化合物の物性推算用原子団リスト

CH3	CCl2	OH
CH2F	CFCl	COO
CHF2	CH	＞N-
CF3	CF	＞N- (R)
CH2Cl	CCl	OMe
CHCl2	F	＞CH2  (R)
CCl3	Cl	＞CF2 (R)
CF2Cl	Br	＞CH (R)
CFCl2	I	＞C＜
CHFCl	H	＞C＜ (R)
CH2	CH2CH3	＞C=
CHF	O	CHF2CF2
CF2	O (R)	C2F5
CHCl	C=O
CH2=	CH=

代替フロンを設計するときに使っていた。博士論文で用いた。

YMB3.1に搭載の官能基リスト（YMB-YNUも同じ）

Alkane groups

1	CH3	16	Bu	23	CH2CH2
2	CH2	17	2_Bu	24	CH2CH2_R
3	CH	18	iso_Bu	25	CH2CH2CH2
4	C	19	ter_Bu	110	CH2CH2CH2_R
11	CH2_R	20	Pr	128	CH2CH2CH2CH2
12	CH_R	21	iso_Pr	129	CH2CH2CH2CH2_R
13	C_R	22	Et	26	CH3_C_CH3

Olefine groups

5	CH2:	9	＃CH
6	CH:	10	＃C
7	C:	14	CH:_R
8	:C:	15	C:_R

Hydroxy groups

27	OH	117	OH@Ph
28	2_OH	121	OH@N
29	3_OH	147	OH_Other

Ketone groups

32	C:O	166	C:O_R@AR
33	C:O_R	120	C:O@Hal
165	C:O@AR	136	C:O@N

C=C=O（ケテン化合物はケトンと認識されてしまうが、計算精度は非常に低い）

Ester groups

36	COO	161	COO@AR
37	COO_R	162	COO_R@AR
101	HCOO

Carboxylic acid groups

35

COOH

64

COOH@AR

Aldehyde groups

34

HCO

100

CHO@Ar

Nitrile groups

44

C＃N

97

C＃N@Ar

ニトリルはアルキル基、もしくは芳香族に直結するもののみ正しい値を返す。

非常に複雑な挙動を示す官能基である。

Acid anhydride groups, Carbonate groups

57	OCOO	59	COOCO
58	OCOO_R	60	COOCO_R

Ether groups and other oxygen

30	O	130	O@P	106	O_reso
31	O_R	131	O@S	112	O-ethylene
102	O_R@AR	132	O@Si	151	O@Other
167	O@AR	104	OO	156	O_EPO
122	O@N			135	O:

エーテルがCF2などに直結する場合は正しい値とならない。今後の検討課題

Sulfer groups

46	SH	103	S@AR
47	S	105	S_R@AR
48	S_R	160	SH@AR
49	SS

Other Sulfer groups

52	S:O	107	COS
119	S:	108	S_reso
		127	S{:O}2

SO2がNH2やNHに結合される場合は、正しい値を返さない。

Amine groups

38	NH2	87	NH2@Ar
39	NH	163	NH@AR
40	NH_R	164	NH_R@AR
41	N	139	N@AR
42	N_R	140	N_R@AR

Other nitrogen groups

153	N:C	144	N:_reso	50	N3res
154	N:C_R	157	N:CH	51	NHres
155	N:N	158	N:CH_R	43	N:
				148	N＃C

Nitro groups

45

NO2

98

NO2@AR

134

NO3

Amide urethane groups

53	NHCO	55	NCO	99	NHCOO
54	NHCO_R	56	NCO_R	152	C:ONHC:O

Aromatic groups

63	Ph	123	3s_Ph	141	1s_Naph	159	C:_rrr
65	o_Ph	124	4s_Ph	142	2s_Naph	145	CH:_reso
66	m_Ph	125	5s_Ph	143	3s_Naph	146	C:_reso
67	p_Ph	126	6s_Ph

C：reso 芳香族の炭素でアルキル基などにつくもの

CH：reso 芳香族の炭素で水素を持つ物

C：rrrナフタレンの真ん中の炭素

Xs_Ph: X 置換

Halogen Atom

88	H
89	F	93	F@Ar	109	F_Ole
90	Cl	94	Cl@Ar	118	Cl_Ole
91	Br	95	Br@Ar
92	I	96	I@Ar

H：88が入った場合には推算精度が非常に低くなる。これは、H2C=O（ホルムアルデヒド）H+HCO、R-OO-Hなどのように、どこにも分類されないHの平均値になっているため。

Halogen groups

70	CF3	74	CF2_R	81	CF
71	CCl3	75	CF2	84	CCl
72	CF2Cl	77	CCl2	114	CF_R
73	CFCl2	79	CFCl
76	CHF2	82	CHF	68	C2F5
78	CHCl2	85	CHCl	69	C2F4H
80	CHFCl	111	CHCl_R
83	CH2F	113	CHF_R
86	CH2Cl	115	CFCl_R
		116	CCl2_R

hydrogen atom

61

H@N

62

H@C=O

138

H@Si

Other atom

137	Si	149	P	150	B
		133	P:O

HSPiP Ver. 5 (2015.11.26)から次の５つの官能基が加わった。

168	H-Water	169	H-NH3
170	H-H2C=O	171	S: CS2
172	H-H2O2

小さな分子で，原子団に分けにくい。YNUで提供しているソフトには搭載されていない。

物性化学トップページ

---

Copyright pirika.com since 1999-
Mail: yamahiroXpirika.com (Xを@に置き換えてください)
メールの件名は[pirika]で始めてください。